藥監局發的是執業藥師證，屬于執業資格證書，執業藥師也稱藥劑師，是負責提供藥物知識及藥事服務的專業技術人員。衛生局發的是藥師證，屬于職稱專業技術資格證書，參加初級藥師資格考試并成績合格者，由人事局頒發人事部統一印制，人事部、衛生部用印的專業技術資格證書。

區別具體在于以下幾點

第一，管理機構不同

藥師屬于衛生局管理，執業藥師屬于藥監局管理。

藥監局發的是執業藥師證，屬于執業資格證書，執業藥師也稱藥劑師，是負責提供藥物知識及藥事服務的專業技術人員，是解答市民大眾有關藥物問題的較適當人選。藥劑師負責審核醫生所處方的數種藥物中有否出現藥物相互作用;并根據病人的病歷、醫生的診斷，為病人建議較適合他們的藥物劑型(如：藥水、藥丸、塞肛藥等)、劑量;同一時間，他們亦會教導病人服用藥物時要注意的事項和服用方法。執業藥師證一般是在藥店工作需要用到的。

衛生局發的是初級藥師證，屬于職稱專業技術資格證書，參加初級藥師資格考試并成績合格者，由人事局頒發人事部統一印制，人事部、衛生部用印的專業技術資格證書。該證書在全國范圍內有效。一般初級藥師證是在醫院工作需要用到的。

第二，就業地點不同

通過藥學職稱資格證考試拿的證，一般是在醫院評職稱時用到，初級職稱叫藥師或藥士，中級職稱叫主管藥師，高級職稱叫副主任、主任。晉升渠道依次是：中/西藥師、主管中/西藥師、副主任中/西藥師、主任中/西藥師。

通過執業藥師資格證考試拿到的證，一般是在藥店工作時需要用到，有中藥與西藥之分，它是執業資格準入證。

第三，報考條件不同

先說執業藥師。

一、凡中華人民共和國公民和獲準在我國境內就業的其他國籍的人員具備以下條件之一者，均可報名參加執業藥師資格考試。

1、取得藥學、中藥學或相關專業中專學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿七年。

2、取得藥學、中藥學或相關專業大專學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿五年。

3、取得藥學、中藥學或相關專業本科學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿三年。

4、取得藥學、中藥學或相關專業第二學士學位研究生班畢業或取得碩士學位，從事藥學或中藥學專業工作滿一年。

5、取得藥學、中藥學或相關專業博士學位。

接著來看藥師。

凡符合衛生部、人事部印發的《預防醫學、全科醫學、藥學、護理、其他衛生技術等專業技術資格考試暫行規定》(衛人發[2001]164號)中報名條件的人員，均可報名參加相應級別的考試。

藥學專業：

報名參加初級藥士/藥師/主管藥師資格考試的人員，要遵守中華人民共和國的憲法和法律，具備良好的醫德醫風和敬業精神，同時具備下列相應條件：

(一)參加藥士資格考試

1、取得藥學專業中專或專科學歷，從事本專業技術工作滿1年。

(二)參加藥師資格考試

1、取得藥學專業中專學歷，受聘擔任藥士職務滿5年;

2、取得藥學專業專科學歷，從事本專業技術工作滿3年;

3、取得藥學專業本科學歷或碩士學位，從事本專業技術工作滿1年。

(三)參加中級資格考試

1、取得藥學專業中專學歷，受聘擔任藥師職務滿7年;

2、取得藥學專業專科學歷，受聘擔任藥師職務滿6年;

3、取得藥學專業本科學歷，受聘擔任藥師職務滿4年;

4、取得藥學專業碩士學位，受聘擔任藥師職務滿2年;

5、取得藥學專業博士學位。